側頭部の対となる2本の角とベクターと呼ばれる特殊な能力を持つ女性型ミュータント・二觭人（ディクロニウス、觭は「角奇」）。彼女らは人類を淘汰する可能性を持つとされ、離島の国立生態科学研究所に国家レベルでの極秘機密として隔離され、研究されている。
ある日、偶発的な事故によって研究所に隔離されていたディクロニウスの少女・ルーシーは、拘束を破って警備員と研究所室長・蔵間の秘書・如月を殺害し、研究所からの脱走を試みる。海に飛び込む直前に頭部を対戦車用徹甲弾[5]で撃たれるも幸い軽傷で済んだルーシーは、そのまま海へ投げ出される。
一方、大学に通うために親戚を頼って鎌倉にやってきた青年・コウタはいとこのユカと共に由比ヶ浜を訪れた際、そこで浜辺に佇む全裸の少女を見つける。その少女は、海へ投げ出された後に由比ヶ浜に流れ着いたルーシーだった。
ルーシーは頭部への銃撃が元で記憶を失った上、人格が分裂して全く別の人格が発現していた。「にゅうにゅう」としかしゃべれなくなった彼女をにゅうと名付けたコウタとユカは、彼女が人類を滅亡させる存在であることを知らないまま、コウタが住むことになる楓荘に連れて行き、一緒に暮らすことになる。
その後、コウタ達は、義父から性的虐待を受けて家出していたマユや、ルーシー捕獲のため送り込まれ不要となったため処分対象となったディクロニウスのナナ、声帯が弱いがオペラ歌手を目指しているノゾミ達と一緒に同居することになる。
Lucy is a special breed of human referred to as "Diclonius," born with a short pair of horns and invisible telekinetic hands that lands her as a victim of inhumane scientific experimentation by the government. However, once circumstances present her an opportunity to escape, Lucy, corrupted by the confinement and torture, unleashes a torrent of bloodshed as she escapes her captors.
During her breakout, she receives a crippling head injury that leaves her with a split personality: someone with the mentality of a harmless child possessing limited speech capacity. In this state of instability, she stumbles upon two college students, Kouta and his cousin Yuka, who unknowingly take an injured fugitive into their care, unaware of her murderous tendencies. This act of kindness will change their lives, as they soon find themselves dragged into the shadowy world of government secrecy and conspiracy.
