西暦2029年。サイボーグの草薙素子は内務大臣のもとへ行き、特殊部隊の創設を要求する。その後、部隊の予算が承認されたため、洗脳装置を持っているとされる「救済センター」という施設へ任務に赴くと、施設が子どもを虐待しているさまを目にする。そこで救済センターを攻撃し、警備員を逮捕する。だが、内務大臣は部隊解散の判断を下し、代わりに「攻殻機動隊」が設立されることになる。
3か月後、バトーは監視業務に就く。バトーは荒巻から草薙素子を呼ぶよう指令を受けるが、休暇中の草薙素子は性的な行為をしている。バトーはそこで、ナメクジかよお前はと述べる。休暇を終えた草薙素子は、ウイルスに感染した外務大臣の通訳のもとへ行く。草薙素子は、トグサとともに、そのウイルスに感染させた犯人を追う。任務中、草薙素子とトグサは、妻に関する情報を得ようとする男を見かける
In a near future, technology has firmly taken root into society at large. Cybernetic implants are nothing uncommon and robots roam as plentiful as humans, all connected through their ''ghosts'' to the electronic datastreams of the net. Major Motoko Kusanagi and the Public Security Section 9 find themselves in a constant battle with the newly created wave of technological terrorists and cyber-hackers. But things take a turn once Motoko gets involved in a certain case involving an extremely dangerous ''ghost'' hacker nicknamed the Puppeteer, as she dives deeper and deeper into the limitless reality of the net, to reach her own startling conclusions.