東京都知事・赤塚梓の肝いりで誕生した救命救急医療チーム、「TOKYO MER」。彼らは最新の医療設備を備え、車内で手術も行える、走る緊急救命室・ERカーを駆り事故、災害、事件現場へ急行する。 彼らが都知事から託された使命はただ一つ。それは出動した現場で「死者を一人も出さない事」である。チームが多数のメディアに披露される式典の最中、バスと大型トラックの衝突事故が発生し、初めての出動要請がかかる。
東京海浜病院に勤務するMERのメンバーたちは、チーフドクターとして就任した喜多見幸太の実力を図りかねていたものの、現場での的確で迅速な処置に舌を巻く。しかし、喜多見の救命活動には危険な現場にも飛び込もうとするなど数多くの問題行動が伴い、各関係機関との衝突を繰り返すこととなり、都知事の政敵である厚生労働大臣・白金眞理子をはじめ、様々な思惑を持った関係者がTOKYO MERを解体しようと画策し、彼らの前に立ち塞がる。
MER解体を画策する中、喜多見の経歴に「空白の1年」が存在することに気付いたMERのメンバーでもある厚生労働省から出向中の医系技官・音羽尚は、かつて喜多見が、負傷した国際的なテロ組織・Lasting Peace 9(通称:LP9)のテロリスト・エリオット椿を海外で救命し、匿ったためにテロ組織の協力者の嫌疑から刑務所に1年間収監されていた事実を掴む。
そんなある日、都内に椿が出没し、「世の中の不条理を知らしめる」という理由から喜多見の妹・涼香を標的に爆弾テロを実行し、彼女の命を奪い去る。
自身の闇献金疑惑をもみ消すため、MER解体と喜多見のテロリスト疑惑に世間の目を向けようと画策する民自党幹事長・天沼夕源の誘導により、音羽の存続の進言も空しく、最終審査会でMERの解体が決定される。そんな中、再び都内で椿による爆弾テロで多数の負傷者が発生したことから、解体が決定したのにもかかわらず、研修医・弦巻比奈をはじめとするMERのメンバーたちは喜多見が示した「待っているだけじゃ、助けられない命がある」のポリシーに従い、ERカーでテロ発生現場の救命に向かう。
爆弾テロで多数の負傷者が発生し、MERだけでは救急救命が追い付かない絶望的な状況の中、赤塚から医系技官として政治家を志した初心を思い起こされた白金は後ろ盾であった天沼を彼の闇献金疑惑を使い見限ることを決断。危機管理対策室に乗り込み、自身の判断でMERの活動を厚労大臣として正式に認可することを宣言し、テロ発生現場でMERと押し問答をしていた厚労省職員をすぐさまMERの支援に回らせる。激怒する天沼に「命を最優先します!」と言い放った白金は大臣の権限をフル活用し、東京近隣の他県の自治体の医療従事者を動員させ、負傷者の救命に当たらせる。
医師としての信念からテロリストを救命したばかりに、結果として、妹を爆弾テロで死亡させてしまったと自宅に引きこもり自責の念に駆られていた喜多見はMERを去る決意を固めていたが、自宅を訪れた彼の元妻で外科医でもある高輪千晶から発奮され、「医師として自分ができることに最善を尽くすこと」を思い起こされテロ発生現場に急行、MERへの復帰を果たし、悲惨な状況へ安心感を与える。
椿を追う公安の刑事・月島しずかは、椿が予告した多発テロの真の標的が東京海浜病院であることを見抜き、先回りしてMERのスタッフルームに現れた椿を銃撃の末に身柄を確保し、テロを未然に防ぐ。その際、被弾により椿は重体となるが喜多見は椿をERカーに搬送し「目の前の命を見捨てたら、俺は医者じゃなくなります。俺たちはMERじゃなくなります」と医師としての信念を貫き、妹の命を奪った憎むべき相手であるはずの椿の命を再び救う。
爆弾テロから2か月後、TOKYO MERの正式運用が開始。発足式典が行われ、音羽はMERの統括官に就任し、喜多見も音羽の後押しもあって再びチーフドクターに任命されたことが明らかとなる。しかし式典の最中に隅田川を航行中だった屋形船同士の衝突事故が発生したことで出動要請がかかり、MERは救急救命のために現場へ出動するのであった。
Tokyo MER is formed by order from the Governor of Tokyo. The name of the group stands for Tokyo Mobile Emergency Room. The members are emergency care professionals and they are to go to sites of dangerous accidents and disasters by ER car. Their ER car is a large vehicle equipped with the latest medical devices and an operating area. There, Tokyo MER saves lives of the injured. Kitami Kota is a doctor for Tokyo MER and its leader. He holds a strong conviction that, regardless of the dangers, he will go to accident sites to save lives.