西暦2021年、突如世界中に出現した寄生生物「ガストレア」との二度に渡る戦いに敗北した人類は、ガストレアを退ける特殊な磁場を発生させる金属「バラニウム」で作られた巨大な壁「モノリス」を建築し、モノリスで囲われた「エリア」の中でガストレアから身を守りながら生活をしていた。
時と共に世界情勢は変化し、2031年の東京エリア、希に外から侵入するガストレアの排除を業務とする「民間警備会社」（民警）の1つ、幼馴染である天童木更が経営する「天童民間警備会社」で働く里見蓮太郎は、大した仕事もなくジリ貧の生活を送っていたそんなある日、珍しくやってきた仕事により通報を受けた部屋に突入すると、荒れた部屋の中に燕尾服の男が立っていた。その男は蓮太郎と数度拳を交えた後、「また会おう、里見君」と言い残し、窓から飛び降りて何処かへ消えた。
男と一陣の戦闘の数日後、東京を治める最高責任者である聖天子により数多の民警が招集され、東京を壊滅しようと目論む燕尾服の男こと蛭子影胤の計画を阻止する依頼が言い渡された。
これまでに無かった強敵が東京を侵略しようとする中、蓮太郎は相棒かつイニシエーターである藍原延珠と共に死戦を繰り広げる｡
そしてそんな戦いの最中、蓮太郎はガストレアという存在にまつわる謎、陰謀、そして自らの存在意義を追うことになる。
