第三次聖杯戦争の折に冬木の地から失われた大聖杯「第七百二十六号聖杯」が発見されたことから物語は始まる。大聖杯を奪い、隠匿していたユグドミレニア家はその聖杯をシンボルに掲げ、魔術協会からの離反を宣言する。
それを討伐すべく派遣された魔術協会の部隊はユグドミレニアのサーヴァントに壊滅させられてしまうが、最後の生き残りが、大聖杯の予備システムの起動に成功。これにより本来の7騎に加えてさらに7騎、計14騎ものサーヴァントを召喚することが可能になった。ユグドミレニアの7騎のサーヴァントに対抗すべく、魔術協会側の魔術師もまたサーヴァントを召喚する。
こうして、ユグドミレニア家の魔術師たちである「黒」の陣営と、ユグドミレニア家討伐のために魔術協会に雇われた魔術師の集まりである「赤」の陣営、二つの勢力による「聖杯大戦」がルーマニア・トゥリファスにて開始された。
The Holy Grail is a powerful, ancient relic capable of granting any wish the beholder desires. In order to obtain this power, various magi known as "masters" summon legendary Heroic Spirits called "servants" to fight for them in a destructive battle royale—the Holy Grail War. Only the last master-servant pair standing may claim the Grail for themselves. Yet, the third war ended inconclusively, as the Grail mysteriously disappeared following the conflict.
Many years later, the magi clan Yggdmillennia announces its possession of the Holy Grail, and intends to leave the Mage's Association. In response, the Association sends 50 elite magi to retrieve the Grail; however, all but one are killed by an unknown servant. The lone survivor is used as a messenger to convey Yggdmillennia's declaration of war on the Association.
As there are only two parties involved in the conflict, the Holy Grail War takes on an unusual form. Yggdmillennia and the Mage's Association will each deploy seven master-servant pairs, and the side that loses all its combatants first will forfeit the artifact. As the 14 masters summon their servants and assemble on the battlefield, the magical world shivers in anticipation with the rise of the Great Holy Grail War.
