米帝の用いたとあるAIによって、全世界同時デフォルトが発生し、一瞬にして世界経済が一度死滅した2045年。貨幣も仮想通貨もその価値を失い、AIはより高度に発展。世界は確実に崩壊への一途を辿って行っているが、まだその危機感を実感できる程ではない世界。世界は計画的かつ持続可能な戦争「サスティナブル・ウォー」へと突入した。これにより、世界各国で内戦、レイドが勃発。それはこの事態を引き起こしたアメリカも例外ではない。
卓越した電脳・戦闘スキルを誇る草薙素子率いる元公安9課のメンバーは傭兵部隊を組織し、「ゴースト」と名乗り、アメリカ・西海岸でレイドを未然に防ぐ為、民間傭兵会社から委託を受け、レイディスト達の掃討作戦を遂行していた。
その一方、一人日本に残り、解体された9課から民間警備会社へと再就職したトグサは単身、ダークウェブに潜り込み、元9課のメンバーだと思われる傭兵集団「ゴースト」の活動を調べながらも、治安悪化の一途を辿る日本で舞い込む仕事を片付けていた。そんな折、9課のトップだった荒巻からの連絡を受け取ったトグサは、現在の総理大臣が9課を再び組織することを考えている事を知らされ、かつての9課メンバーの招集を命じられる。無論、彼が向かうのは「ゴースト」が最後に仕事を引き受けたとされるアメリカ・西海岸だった。
時は少し遡り、レイディストの攻撃を完全に防ぎ切る事が出来ず、発射されたミサイルがビバリーヒルズのとある豪邸へと着弾してしまう。その失敗により、素子たちの元に駆けつけてきたアメリカ軍特殊部隊と、「ジョン・スミス」と名乗る黒服の男は、素子達の言い分を聞き入れることはせず、そのまま素子達は連行されてしまう。
連行された元9課の面々は、半ば強制的にジョン・スミスの依頼を引き受ける事となり、作戦決行日まで只管予行演習や訓練を行う事となる。同時期、元9課の面々を探すトグサは、最後に素子達が目撃された場所を見つけだすことに成功し、その場所で待機を命じられていたタチコマ達と再会。トグサはタチコマ達と共に、素子達の行方を追う。
作戦決行日、マイクロマシンで大儲けした実業家の捕獲を命じられた素子達は、ビバリーヒルズのとある豪邸へと潜入する。そこで対峙したのは”人間ではない”何か――。格闘技も、銃も綺麗に躱すそれは「ポスト・ヒューマン」と呼ばれる驚異的な知能と身体能力を持つ特異な存在。突如として現れたポスト・ヒューマンを前に、苦戦を強いられる素子達だが、辛くもその状況を打破する。
彼らの目的も分からず、大国間の謀略が渦巻く中で、9課は再び組織される。
2045 год. Мир пожинает плоды очередного финансового кризиса. 9 отдел расформирован и "майор" Мотоко Кусанаги создав со своими боевыми товарищами ЧВК и прихватив с собой татиком подрабатывает на ниве безопасности. Во время очередного задания она встречает агента Смита, который делает ей предложение от которого невозможно отказаться. Тем временем Дайсукэ Арамаки убеждает руководство, что оно немного поторопилось с оптимизацией 9-го отдела и предлагает его восстановить его в прежнем составе.
Section Nine is shut down, with many of its operatives leaving Japan to form a mercenary group called Ghost. Motoko Kusanagi and the other members of Ghost are soon forced to work for a well-connected American on what is supposed to be a rescue mission. Meanwhile, the new Japanese prime minister has tasked Daisuke Aramaki with reopening Section Nine. With most of his former employees out of the country, Aramaki turns to Togusa to discover Ghost's whereabouts and contact them.