古来から怪獣が人々の日常生活を脅かしている日本が舞台。怪獣大国 日本として描かれ、発生率も日本が高いとされる。
主人公 日比野カフカは、幼いころに住む町が怪獣の発生によって破壊される。その日、幼馴染の亜白ミナとともに、その町を見渡せる丘にいた二人は惨状を見ながら、「俺(私)、防衛隊員になる」と宣言、「二人で、怪獣を全滅させよう」と約束した。
だが、カフカは防衛隊に合格できずに月日が流れた。
怪獣死体の解体清掃処理業者・モンスタースイーパー社に就きながら防衛隊員を目指すも、既に32歳になり防衛隊の年齢制限を超えてしまっていた。一方、ミナは日本防衛隊として活躍するどころか、隊長を任され防衛隊のヒーローとして取り上げられていた。そんなミナを横目に鬱屈した日々をおくっていたカフカ。そんな日々を送る中、防衛隊試験対策としてモンスタースイーパー社にアルバイト入社した市川レノ。彼から少子化を理由とした防衛隊の年齢制限が引き上げられることを教えられる。その帰り道で『余獣』と呼ばれる怪獣に襲われ、二人は絶命の間際、防衛隊 第三部隊 隊長である亜白ミナに窮地を救われる。保護された病院で隣の病床で保護されていたレノから、再び入隊試験を受けるよう促され、決意を新たにするカフカだったが、その直後、謎の生物に「ミツケタ」と言葉を残し口から侵入され寄生。寄生されたカフカは怪獣化してしまう。この際、レノが最初に目撃し、話の途中だった事と、人間の言葉を話すことから、それがカフカである事を理解し、一緒に病院からの逃亡を試みる。
その逃亡中、カフカは人間化を自然と体得し怪獣としての姿を消すことに成功、これが日本防衛隊としての初の未討伐事件となり『怪獣8号』と識別される。
この後、カフカとレノが防衛隊へ入隊を目指すところから物語は始まる。
Kafka hopes to one day keep his pact with his childhood friend Mina to join the Japan Defense Force and fight by her side. But while she’s out neutralizing kaiju as Third Division captain, Kafka is stuck cleaning up the aftermath of her battles. When a sudden rule change makes Kafka eligible for the Defense Force, he decides to try out for the squad once more. There’s just one problem—he’s made the Defense Force’s neutralization list under the code name Kaiju No. 8.
