マクロスF(フロンティア)- 西暦2059年。
超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」に、「マクロス・ギャラクシー」出身のアイドル・シンガー
「シェリル・ノーム」がコンサートのために来艦する。
そんなシェリルに憧れる女子高生、「ランカ・リー」は、念願だったシェリルのコンサートに急ぐ途中、
パイロット養成コースの高校生「早乙女アルト」と出会う。
と、そんな中、突如「フロンティア」は未知なる敵と遭遇。
しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物だった!強力な攻撃能力により、次々とダメージを受ける新統合軍部隊…。
やがて宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。平和な宇宙船の中も、ひとたび戦闘状態となれば、人工的な環境制御が停止してしまう危険性をはらんでいる。
事態の収拾に向け、ランカのたった一人の身よりである兄・オズマ率いる特殊軍事部隊SMSのVF-25部隊が出動することになるが、ランカは兄が危険な戦闘機乗りであることを知らされていなかった。
はたして、宇宙生物の数は?能力は?目的は? そしてマクロスフロンティアの運命は…!?
Macross Frontier - Following a catastrophic war against a race of giants known as the Zentradi, humanity has escaped towards the center of the galaxy aboard a fleet of colonial vessels called the Macross Frontier. As the extraterrestrial threat is left further and further behind, life on Macross Frontier proceeds as usual.
In the year 2059, a young mecha pilot trainee named Alto Saotome and his colleagues are preparing to perform an accompanying routine for the famous singer Sheryl Nome, who has come to Macross Frontier for a concert. During the performance, a biomechanical alien species known as the Vajra make a sudden appearance, breaking through the defensive perimeter surrounding the vessel and crash-landing near the concert venue, plunging the entire city into chaos. As the concertgoers evacuate, a young girl named Ranka Lee is left behind and gets targeted by the Vajra, but she is saved at the last minute by Alto. Following these events, the Strategic Military Services program notes Alto's skill in battle, resulting in his recruitment to combat the new alien threat.