弐瓶勉による同名SFコミックをフルCGでアニメ化。失われた世界で生き残った人類が遭遇する数奇な運命を描く。監督は劇場版「名探偵コナン」を数多く手がけた静野孔文、脚本は「夏目友人帳」「夏色キセキ」の村井さだゆきが担当した。アニメーション制作は「スター・ウォーズ：クローン・ウォーズ」のポリゴン・ピクチュアズ。
対話不能の謎の生命体、異性物奇居子“ガウナ”により破壊された太陽系。残された人類の一部は小惑星宇宙船シドニアで宇宙を旅することに。千年後、船の最下層部で育った谷風長道は食料を求め街へ出た。窃盗のために捕まった長道は、小林艦長の元へ連れて行かれ“衛人”の操縦者になってほしいと依頼される。そして人型巨大装甲兵器“衛人”の訓練生となった長道に、初任務が下される…。
After destroying Earth many years ago, the alien race Gauna has been pursuing the remnants of humanity—which, having narrowly escaped, fled across the galaxy in a number of giant seed ships. In the year 3394, Nagate Tanikaze surfaces from his lifelong seclusion deep beneath the seed ship Sidonia in search of food on the upper levels, only to find himself dragged into events unfolding without his knowledge.
When the Gauna begin their assault on Sidonia, it's up to Tanikaze—with the help of his fellow soldiers and friends Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose, and Yuhata Midorikawa—to defend humanity's last hope for survival, and defeat their alien foes. Sidonia no Kishi follows Tanikaze as he discovers the world that has been above him his entire life, and becomes the hero Sidonia needs.
