東京西部の大部分を占め、総人口のおよそ八割が学生の『学園都市』。そこは、住民である生徒達の超能力を開発する、特殊なカリキュラムが存在する街だった。そんな学園都市で暮らす高校生・上条当麻は、落第寸前の無能力者。当然評価はレベル0。ところが、彼の右手には、あらゆる異能の力を打ち消す謎の力が宿っていたのだ。しかし、この力のせいで“神のご加護”まで打ち消してしまい、当麻は常に不幸な人生を送っていた。しかし夏休みのある日、ひとり暮らしの当麻の部屋に、いきなり空から純白のシスターが降ってきた。少女は言う。自分は“魔術”の世界から逃げてきた──と。そしてこの事件をきっかけに、超能力と魔術、ふたつの異能が交差する凄惨な世界へ、当麻は足を踏み入れるのだった――。
Kamijou Touma is a student living in Academy City, a highly advanced place in terms of technology. Despite being gauged as a level zero esper (no powers), he possesses on his right hand the Imagine Breaker, an ability that negates any power whatsoever. Touma finds a young girl named Index who is trying to run away from Necessarius, a powerful magic organization that she is member of. Blessed with the skill of memorizing any sort of information, she holds 103,000 forbidden magical books within her head. As science and magic cross paths, Touma must face several dangers amid espers and magicians who appear in the exciting scientific town.