東都大学付属病院の脳外科医・南方仁は、ある夜急患で運ばれた男性の脳から奇形腫を摘出する。その後、仁は頭痛と空耳に悩まされる。集中治療室から脱走した患者を止めようとしたが、階段からバランスを崩し、そのまま気絶してしまう。意識を取り戻した仁が、ふと辺りを見渡すと、侍達が斬り合いをしていた。実は、仁は文久2年（1862年）、幕末の江戸時代にタイムスリップをしていたのだった。 そこで仁は、過去の人間の運命や歴史を変えていることを自覚しつつも、人々を救う為、現代から持ち込んだ知識と幕末の人々の協力により、近代医療を実現していく。
Two years have passed since the last season. Jin and Saki develop a sweet confectionery that contains medicine for Saki's mother who has a severe case of beriberi. Meanwhile, Ryoma asks Jin to care for Kaishuu Katsu's mentor, Shozan Sakuma. Shozan is in a critical state after being attacked by the Shinsengumi. Jin is reluctant because curing Shozan would mean changing the course of history. However, Shozan tells him that he too is involved in the “present”.
