西暦1999年7月18日。地中深くに埋没されていたものの、地殻変動によって地表に出現した長野県中央アルプスの九郎ヶ岳遺跡で発掘された石棺を開けたことで目覚めた謎の存在は、城南大学と信濃大学が共同で発掘調査に当たっていた夏目幸吉博士らの調査隊を全滅させ、さらに200体余りの仲間を蘇らせる。この事件の捜査を担当する長野県警刑事の一条薫は、現場にて五代雄介と名乗る冒険家の青年と出会う。雄介が遺跡で発掘されたベルトを目撃した際、超古代の戦士のイメージが脳裏に浮かび上がる。
その後、長野県警を襲撃するズ・グムン・バに遭遇した雄介は、咄嗟の判断でベルトを装着して戦士クウガに変身しこれを退ける。そして、人々の笑顔を守るために蘇った怪人たちと戦うことを決意する。
以後、クウガと怪人たち=グロンギは「未確認生命体」と呼ばれ、人々に認知されていく。
Having himself telepathically linked to a mysterious stone belt, Yusuke Godai believes that he is fated to be the warrior Kuuga, who fights the Gurongi monsters that keeps murdering humans.