映画版（アビドース作戦）より1年後、封印され米空軍の厳重な監視下に置かれていたスターゲイトが突如動き出す。武装した異星人が現れスターゲイト基地 (SGC) を襲い、監視していた兵士達の内女性はさらわれ他の者は殺されてしまう。基地の指揮官ハモンド将軍により、退役していたジャック・オニール大佐は再びSG基地へと呼び出され、理論天体物理学者でもあるサマンサ・カーター大尉らと共に再びゲイトをくぐるのであった。オニール大佐ら一行はゲイトの先でダニエル・ジャクソン博士と再会し、スターゲイトが広大な宇宙の様々な星々に存在し、それらが巨大なネットワークを構築している事を知る。そして、支配者は太陽神ラーだけでなく、闇を支配する邪神アポフィス、ハトル（ハトホル）などといったエジプト神話の神々やギリシャ神話のクロノス等他、様々な古代神話の神々を名乗る異星人が存在することを知る。ジャック・オニール大佐、ダニエル・ジャクソン博士、サマンサ・カーター大尉そして異星人のティルクらはスターゲイトを使い他の惑星に住む人々との交流を広げつつ、宇宙の支配を狙う異星人との戦いを繰り広げる。
A secret military team, SG-1, is formed to explore other planets through the recently discovered Stargates.
