物語は少年ラキの家族を殺した妖魔をクレアが斬殺するエピソードから始まる。クレアは妖魔に深く係わった者として村を追放されたラキと道程を共にするようになり、任務をこなす日々の中で2人の間に絆が芽生えていく様子が描かれる。次にクレアの過去のエピソードが描かれ、クレアの目的が少女時代の恩人であるクレイモア・テレサを殺した覚醒者プリシラの打倒である事が明らかになる。こうして、序盤は主にクレアとテレサに焦点をあて、ストーリーの骨子となるクレアの生きる目的や、作中の世界の背景などが明かされていく。
序盤で物語の核心や舞台背景が明らかになると、中盤以降、自らを人外の存在に変えた「組織」への復讐を目論むクレイモア・ミリアや、大陸の覇権を争う強大な覚醒者「深淵の者」たちの登場により物語は広がりを見せる。さらに作中の主な舞台となる大陸が実はほかの大陸で行われている戦争に用いる生物兵器(=クレイモア、覚醒者)の実験場であると言う事実が明らかとなり、「組織」に兵器開発の研究者としての視点が加わると共に「組織」と敵対する勢力の工作員の思惑などが絡み、物語は複雑な展開を見せていく。
Йомы – это людоеды, зловещие монстры, способные принимать человеческий облик. Самые сильные и безудержно голодные Йомы открыто нападают на деревни, прочие проникают в людские общины тайком, под видом кого-либо из селян.
Клеймор – это наполовину Йомы, наполовину люди. У них светлые волосы и серебряные глаза. Клеймор способны распознавать и истреблять Йом. Все Клеймор – женского пола.
Люди – это просто люди. Они боятся Клейморов и боятся Йом. Но без первых им не совладать со вторыми. Эта история начинается со знакомства Клеймор по имени Клейр и человека по имени Раки...
© Анастасия Розанова, World Art
When a shapeshifting demon with a thirst for human flesh, known as "youma," arrives in Raki's village, a lone woman with silver eyes walks into town with only a sword upon her back. She is a "Claymore," a being manufactured as half-human and half-youma, for the express purpose of exterminating these monsters. After Raki's family is killed, the Claymore saves his life, but he is subsequently banished from his home. With nowhere else to go, Raki finds the Claymore, known as Clare, and decides to follow her on her journeys.
As the pair travel from town to town, defeating youma along the way, more about Clare's organization and her fellow warriors comes to light. With every town cleansed and every demon destroyed, they come closer to the youma on which Clare has sought vengeance ever since she chose to become a Claymore.