オリジナルのTVシリーズをリビルド(再構築)し、新劇場版として生まれ変わった全4部作の第2弾。本作は完全新作をベースに制作、新たなヒロインや新型エヴァンゲリオンの登場などデザインと設定が大幅に刷新され、“使徒”とEVAシリーズの戦いがさらにスケールアップした形でスペクタクルに展開していく。
第3使徒がネルフの北極施設に出現、真希波・マリ・イラストリアスの搭乗したエヴァンゲリオン仮設5号機が迎え撃つ。一方、日本では、母の墓参りを終えたシンジがミサトの車での帰途、第7使徒に遭遇、そこへエヴァンゲリオン2号機が出撃し、鮮やかに殲滅するのだった。そして、2号機の搭乗者、式波・アスカ・ラングレーはシンジたちの中学校に転入し、シンジが暮らすミサトのマンションの新たな同居人に。やがて、ネルフ本部へ直接落下を企む第8使徒が襲来。エヴァ零号機、初号機、2号機は連係して落下を食い止め、殲滅を成功させた。またこうした戦いと学園生活を通じ、これまで互いの関係に距離感のあったシンジ、レイ、アスカはそれぞれ次第に心境の変化をみせていく。ところが、続く第9、第10使徒との戦闘で、彼らは自ずと過酷な運命を背負っていくこととなる…。
Under constant attack by Angels, NERV introduces two new pilots: the mysterious Makinami Mari Illustrous and the intense Asuka Langley Shikinami. Parallel to the incursion, Gendo Ikari and SEELE proceed the secret project that involves both Rei and Shinji.