１９９７年春に公開された「シト新生」の「ＲＥＢＩＲＴＨ」編の完全最終版。また、ＴＶ版最終２話をリメイクした形になっており、それぞれ「第２５話」「第２６話」と数字表記で区別されている。それぞれの人類補完計画を遂行するために、ゼーレ対ネルフの戦闘が始まった。そんな中、独り心を閉ざすシンジ。そのシンジを叱咤するミサト。アスカは復活して反撃を始めるが…。その頃、碇ゲンドウは独自の補完計画を急いで、レイを連れてネルフ地下のアダムと目される巨人の前にいた。
Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.
Having prevented the Third Impact and thus saving the planet, NERV unexpectedly finds itself under attack. Conscious of Gendo's betrayal, SEELE launches a massive raid towards Tokyo-3 in order to conclude the Human Instrumentality Project at any cost. NERV must now fight its most fearsome opponent: mankind itself.
