人気ゲームソフト『PERSONA3』を基にした劇場版ファンタジー・アニメーション。監督はTV「バクマン。」の秋田谷典昭。1日と1日の間には“影時間”と呼ばれる時間が隠されていた。そして、人やモノ全てが動きを止めた街を“シャドウ”と呼ばれる異形の怪物が跋扈する。ごくまれに、“ペルソナ”という特殊な力を持った少年少女が現われ、彼らだけがシャドウに対抗できる可能性を秘めていた。幼い頃に両親を事故で失った結城理は、4月から、ここ月光館学園に転入してきた高校2年生。ある日、シャドウの襲撃を受けたことでペルソナの能力を覚醒させる。やがて、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられ、影時間の真相に迫るべくシャドウとの壮絶な戦いに身を投じていくが…。
В Persona 3 главным героем является школьник, который присоединяется к специализированному факультативному исполнительному отделению (англ. Specialized Extracurricular Execution Squad, SEES), группе учеников, исследующих «тёмный час», скрытое время, наступающее ровно в полночь между одним днём и следующим за ним. Во время тёмного часа герой посещает Тартар, огромную башню, населенную «тенями», созданиями, питающимися разумом людей. Чтобы противостоять теням, каждый член SEES может призывать Персону, воплощение своего внутреннего «я».
At the stroke of midnight, the Dark Hour appears—a secret hour which most are unaware of. Those not trapped in coffins during this time, unfortunate enough to find themselves conscious, are met by dangerous creatures known as Shadows. A select few, however, possess the potential to wield Persona: a special power used to defeat these beings. This secret group is called SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), and their mission is to uncover the reason behind the Dark Hour's appearance.
Only a short while after transfer student Makoto Yuuki begins his residency at Iwatodai Dorm, his Persona awakens after an attack by a strong Shadow. Now recruited into the ranks of SEES, he begins fighting alongside his comrades, as only they can protect humanity from Shadows and prevent the anomaly that is the Dark Hour.