榊野学園高等学校へ通う伊藤誠は、以前から同じ通学電車に乗る桂言葉のことを気にかけていた。そんなある日、誠は学園に伝わる「好きな相手を携帯電話の待ち受け画面にして、3週間隠し通したら想いが叶う」というおまじないを実行したものの、その日の内に隣席の西園寺世界に見つかってしまう。事情を知った世界はお詫びという名目で、誠と言葉の間を取り持つこととなり、2人はめでたく交際することとなる。
しかし、2人の関係はすれ違いの連続で、誠は次第に言葉との交際を疎むようになる。一方で、たびたび助言を授けてくれる世界に欲情するようになる。そして世界もまた、徐々に秘めていた誠への想いを抑えられなくなり、遂には彼と肉体関係を結んでしまう。その一方で誠は自制心を失い、次々と他の女子とも肉体関係を結んでいく。
物語終盤には世界から妊娠したと打ち明けられ、誠は校内で居場所を失って孤立する。世界は誠が戻ってくることに期待するが、逆に彼は言葉とヨリを戻していく。そして堕胎を提案されたことに逆上し、世界は誠を刺殺してしまう。その後、誠の遺体を発見した言葉は、死んだはずの誠を装って世界を呼び出して殺害し、切断した彼の頭部を抱えながらヨットで海の彼方へ消えていった。
Макото Ито — обычный японский школьник, только-только начавший второй триместр в академии Сакакино. Во время ежедневных поездок в школу и обратно он влюбляется в девушку по имени Котоноха Кацура. Когда его одноклассница Сэкай Сайондзи узнаёт о тайной любви Макото, то способствует знакомству этих двоих — так, что со временем парочка становится всё ближе и решается пойти на свидание. Несмотря на столь удачное и успешное «сватовство», осуществлённое ею, Сэкай ненароком начинает завидовать образовавшейся паре и ощущает невесть откуда взявшееся чувство к Макото.На следующий вечер, в ожидании поезда у ближайшей станции напротив школы, Сайондзи встречает Ито, ждущего Кацуру, чтобы отправиться на свидание. Он садится рядом с ней и жарко благодарит за помощь, чувствуя себя в долгу и предлагая любую плату, какую он может дать. Сэкай думает, что он явно преувеличивает значимость сделанного, но, несмотря на это, решает получить своё вознаграждение, поцеловав его в тот момент, когда поезд, который она ждала, тронулся. Бросившись затем в открытую кабину, она оставляет поражённого и оплатившего свой долг Макото ожидать свидания.
Makoto Ito is a young Japanese high school student beginning his second term at the fictional Sakakino Academy. During his daily train rides to and from school, he becomes infatuated with fellow student Kotonoha Katsura; a girl that also commutes. When a new classmate acquaintance of his, Sekai Saionji, discovers his secret crush on Kotonoha, she helps introduce both of them to each other and over time they grow closer and agree to date. However in spite of her proud and triumphant matchmaking efforts, Sekai inadvertently becomes jealous of the new couple, having also developed feelings toward Makoto.
The following afternoon on her way home at the nearby train station in front of the school, Sekai finds Makoto waiting for Kotonoha to rendezvous for a date. He sits with her and reiterates his appreciation for her help, and feeling heavily indebted, offers repayment anyway he can. Though she believes he is overreacting, Sekai decides to redeem her obligation by placing a kiss on his lips as her train pulls in; quickly rushing into an open passenger car and happily bidding a dumbstruck Makoto luck on his date.