世界各国が水面下にて、熾烈な情報戦を繰り広げていた時代。東西の間に鉄のカーテンが下りて十余年、隣り合う東国(オスタニア)と西国(ウェスタリス)の間には仮初の平和が成り立っていた。
西国から東国に送られた西国一の凄腕スパイ・黄昏(たそがれ)は、東西平和を脅かす東国の政治家ドノバン・デズモンドと接触するため、偽装家族を作ってデズモンドの息子が通う名門イーデン校に養子を入学させる任務オペレーション〈梟〉(ストリクス)を命じられる。黄昏は精神科医ロイド・フォージャーを名乗り、養子を探して孤児院で少女アーニャと出会う。ロイドは知らないがアーニャは心を読むことができる超能力者(エスパー)で、彼の心を読んで賢いふりをしたため、難関イーデン校に合格できると考えたロイドは彼女を養子にする。実はそれほど賢くないアーニャにロイドは四苦八苦させられるが、なんとか筆記試験に合格。しかし次の面接試験に「両親」揃って来るよう指示されたため、ロイドは急いで妻役の女性を探すことになる。
その矢先、2人はヨル・ブライアという女性と出会う。彼女は公務員をする傍らいばら姫のコードネームで密かに殺し屋をしていたが、東国では妙齢の女性が独身でいるのは不自然とされ通報されるリスクがあるため[注釈 6]、形式上の恋人を探していた。心を読む能力によってヨルが殺し屋であることを知ったアーニャは、好奇心からヨルが母親になってくれるよう仕向ける。恋人役を探していたヨルと、妻役を捜していたロイド、そして「わくわく」を求めるアーニャの利害が一致し、3人は互いの利益のために素性を隠しながら、即席家族としての生活をスタートさせる。
Agent Twilight, the greatest spy for the nation of Westalis, has to infiltrate an elite private school. In order to do so he assumes the identity of psychiatrist Loid Forger, adopts an orphan girl, and marries a city hall employee. Unknown to him, his daughter Anya is a telepath and his wife Yor is an assassin. The three learn to become a family while working to complete Twilight's missions and maintain world peace.