アイスピック通り魔事件で殺された被害者たちは、それぞれクロノスシード社製の100台限定のスマートフォンを所持していた。
星野新太は友人の森口類に携帯電話を壊され、代替機としてクロノスシード社限定のスマートフォンを借りる。それによって「未来日記」というアプリを利用すると、未来の出来事が次々と勝手に書き込まれてゆき、新太は未来を知ることに喜ぶ。しかし同じ頃、家庭内では父親が理由も告げずに離婚し家を出てしまうという出来事に見舞われる。
しばらくして、未来日記に突然「DEAD END」と書き込まれ、新太は自分が死ぬ未来を知る。新太はスマートフォンを借りた類に助けを求めようとするが、その途中プラネタリウムの中でアイスピック通り魔事件の犯人に襲われる。突然現れた少女・古崎由乃に導かれ「未来」を次々と変え生きようと抗う。一時由乃に助けられるが、自分の代わりに彼女が犯人に襲われるのを監視カメラ越しに見て自らの立場も顧みずに助けようとするが抵抗空しく最終的に追い詰められてしまう。 そこへ、自らの「未来日記」を見て未来を知った父親の九郎が身代わりとなり新太達は生き残る。プラネタリウムに監禁された春奈を救助すると、未来日記の画面から「デウス」と名乗る謎の人物のメッセージが現れ、生き残るためには7人の日記所有者が最後の一人となるまで戦えと命令される。自ら父親を殺したのではないかと悩むが、由乃に最後の一人になって未来日記に望む未来を書き込めばいいと諭される。新太と由乃だけが残り、彼女が持つ「未来日記」の破壊を躊躇したとき、彼女に似た謎の女性に胸を刺されてしまう。新太が目覚めると謎の部屋に「未来日記」の所有者全員が転送されていた。かつての記憶を思い出すと次々にその場から消えていく。そこへ、消滅したと思われていた現実世界の星野九郎から全ての真相を知らされ、新太は混乱する。サイバーテロに襲われた現実世界の未来を救う為に、デウスの暴走を止めるためのコードを託されオリンピア(仮想空間)に戻された新太は類と連絡を取り、それまでの記憶を元に春奈の誘拐事件を解決する。「デウス」が仕掛けたゲームを止めるため、萩戸に上原倫子が記憶を取り戻していること、奥田陽介が一連のスマートフォン所持者を殺害していた通り魔であることを伝え、類に不破めぐみの未来日記の回収を依頼する。新太は木部徹の元へ会いに行くが、既に何者かに「未来日記」を奪われていた。その夜、理由も告げずに家を出る父親に今まで言えなかった感謝の気持ちを伝える。翌日、由乃の未来日記を回収するために彼女の自宅に向かい謎の地下室で彼女に似た謎の女性に遭遇する。
「デウス」が仕掛けたゲームを通じて「未来日記」所有者との出会いと別れを繰り返すなかで新太の気持ちに変化が現れ、成長していく。
Хошино Арата - апатичный студент, который думает, что работать бесполезно и что будущее не изменить. Но однажды ему достаётся мобильник, в котором он заводит журнал, где можно написать будущее. Желая изменить уже прописанное там своё будущее, он попадает в игру на выживание с людьми, у которых тоже есть подобные журналы. За ним везде следует Фурусаки Юно, которая по уши влюблена в Арату. Поначалу парень забавляется, но постепенно осознаёт "сущность" журнала и пытается выиграть, чтобы не вылететь из игры. Он решает жить, как сам того пожелает, и получает сообщение о том, что надежда есть, как есть и завтрашний день...
Arata Hoshino is a lazy college student, who doesn't believe in working for his future or putting in the effort. He then gets a "future diary" program on his cellphone. The future diary allows him to make predictions that will come true. He then becomes involved in a survival game revolving around the future diary...